Internationale Optionen
Während jedem Zyklus werden den Ländern, die ihre Erhebungen vervollständigen und sich an weiteren thematischen Auswertungen beteiligen möchten, Optionen für den Schülerfragebogen angeboten. Wie bereits in den Jahren 2000, 2003 und 2006 wird die Schweiz auch bei PISA 2009 die Fragen zu den neuen Technologien (Zugang, Verwendung) im Schülerfragebogen aufnehmen.

Nationale Optionen
Die Länder haben ausserdem die Möglichkeit, den Schülerfragebogen sowie den Schulfragebogen mit eigenen Fragen zu ergänzen. Die Schweiz nutzt diese Gelegenheit, um zusätzliche Informationen von den Schülerinnen und Schülern (z.B. über die Kompetenz bei der Internetrecherche, die ausserschulische Nachhilfe sowie über die berufliche Zukunft) oder von Schulleitungen (z.B. über die an der Schule seit 2000 eingeführten Leseförderprojekte) einzuholen.